学术理论研究部下设学术评价科、科协(社科联)管理科和学报编辑部三个科室。

学术评价科主要负责全校教师的学术论文、著作评价和认定及学校学术交流信息统计、学术通讯编制，以及学术理论研究部的其他工作。

科协、社科联管理科主要负责国家、省、市科协青年科技奖、优秀科技工作者，科协系统项目申报、奖项申报的组织与初评等科协工作；国家、省、市社科联社会科学优秀科研成果评奖申报组织与初评等社科联工作；加强科普基地和学会建设，促进校内外学术交流，推动学校文化氛围建设；以及学术理论研究部的其他工作。

学报编辑部主要负责《东北石油大学学报》编辑、印刷和发行等出版工作，国家、省、市宣传和新闻出版部门和各级学会、协会、研究会交办的各项工作，以及学术理论研究部的其他工作。